Sau năm 1975, Hợp Châu là một xã thuộc huyện Tam Dương.

Ngày 5 tháng 7 năm 1977, huyện Tam Dương sáp nhập với huyện Lập Thạch thành huyện Tam Đảo[3], xã Hợp Châu thuộc huyện Tam Đảo.

Ngày 9 tháng 6 năm 1998, huyện Tam Dương được tái lập[4], xã Hợp Châu trở lại thuộc huyện Tam Dương.

Ngày 9 tháng 12 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định số 153/2003/NĐ-CP[5]. Theo đó, xã Hợp Châu chuyển sang trực thuộc huyện Tam Đảo mới và là huyện lỵ huyện Tam Đảo.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 868/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Vĩnh Phúc (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, thành lập thị trấn Hợp Châu, thị trấn huyện lỵ huyện Tam Đảo trên cơ sở toàn bộ 9,99 km² diện tích tự nhiên và 10.267 người của xã Hợp Châu.

Ngày 12 tháng 3 năm 2020, chuyển 14 thôn của thị trấn Hợp Châu thành 14 tổ dân phố có tên tương ứng.[6]